中化地质矿山总局内蒙古地质勘查院成立于1973年，隶属于中化地质矿山总局，为国资委管理的央企三级单位，一级主管单位为中国煤炭地质总局，二级直接管理机关为中化地质矿山总局。2017年完成原基地的整体征拆工作后购置科研办公楼至呼和浩特市玉泉区大盛魁文创园二期S4号楼。

内蒙院（公司）于1995年10月6日，将原“化学工业部地质勘探公司内蒙古地质勘探大队”更名为“化学工业部内蒙古地质勘查院”。2002年2月5日，更名为“中化地质矿山总局内蒙古地质勘查院”。2021年6月4日，将原院属公司“中化呼和浩特地质勘察有限公司”提级为院级公司，合并称为“中化地质矿山总局内蒙古地质勘查院（中化明达（内蒙古）控股有限公司）”。